Tokom NATO-ovog bombardovanja 1999. godine, pretrpeo je velike gubitke i jugoslovenski vojni aparat i civilno stanovništvo. Stradalo je oko 1.000 pripadnika jugoslovenskih snaga bezbednosti, dok je između 489 i 528 civila izgubilo život.
Ovaj napad na Jugoslaviju ostavio je za sobom razornu infrastrukturu i pustoš u mnogim krajevima zemlje: uništeni i oštećeni mostovi koji su povezivali zajednice, industrijska postrojenja koja su bila ključ ekonomije, bolnice koje su služile kao utočište za bolesne, škole gde su deca sticala znanje, cenjeni kulturni spomenici, kao i brojne privatne firme i vojni objekti. Ekonomski stručnjaci iz tadašnje ekspertske Grupe 17 procenili su ukupnu materijalnu štetu na tadašnjih 30 milijardi dolara.
Nakon okončanja borbenih dejstava i povlačenja jugoslovenskih snaga, preko 164.000 Srba i 24.000 Roma napustilo je Kosovo, u potrazi za sigurnijom budućnošću. Povrh toga, mnogi koji su ostali — kako nealbanski civili, tako i Albanci koji su percipirani kao saradnici srpskih vlasti — postali su mete fizičkog nasilja, otmica i brutalnih ubistava. Posledice sukoba u bivšoj Jugoslaviji donele su Srbiji nimalo zavidnu titulu doma za najveći broj izbeglica i interno raseljenih lica u Evropi, čime je dodatno opterećena njena društvena i ekonomska infrastruktura.
Ovo bombardovanje SR Jugoslavije označilo je drugi značajan NATO vojni angažman, prvi nakon akcija u Republici Srpskoj 1995. godine. Bio je to takođe i kontroverzan potez, jer je to bio prvi put da je NATO primenio vojnu silu bez jasnog i izričitog odobrenja Saveta bezbednosti Ujedinjenih nacija, što je izazvalo žustre međunarodne debate o legitimnosti i legalnosti ovakve intervencije.
Ovaj događaj ostavlja trajne posledice na međunarodne odnose i postavlja pitanja o budućim vojnim angažmanima alijansi na svetskoj sceni.
